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Coronavirus : tout savoir sur les variants qui sévissent dans le monde entier

ÉCLAIRAGE - Alors que l'Organisation mondiale de la santé dénombre trois "variants préoccupants" et sept "variants d'intérêt" dans le monde, leur contagiosité et leur résistance aux vaccins inquiètent.

Un homme reçoit un test PCR à Pretoria, en Afrique du Sud, le 17 décembre 2020.
Un homme reçoit un test PCR à Pretoria, en Afrique du Sud, le 17 décembre 2020. Crédit : Phill Magakoe / AFP
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Quentin Marchal
et AFP

Alors que l'épidémie de coronavirus sévit dans le monde entier depuis plus d'un an, l'émergence de nouveaux variants de la Covid-19, pose de nombreuses questions. Tour d'horizon de ce que l'on sait sur les variants anglais, sud-africain, brésilien et indien et l'impact qu'ils ont sur la pandémie.

À ce stade, trois d'entre eux sont considérés comme des "variants préoccupants" au niveau mondial, selon la dénomination officielle de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). Il s'agit de ceux qui ont d'abord été détectés en Angleterre, en Afrique du Sud et au Japon (mais sur des voyageurs venant du Brésil, d'où son nom commun de "variant brésilien").

À la date du mercredi 27 avril, ces trois variants circulent respectivement dans au moins 139, 87 et 54 pays, selon l'OMS. Ils appartiennent à cette catégorie à cause de leur transmissibilité et/ou de leur virulence accrues, qui aggravent l'épidémie et la rendent plus difficile à contrôler, selon la définition de l'OMS.

Le nombre de variants "préoccupants" peut varier dans chaque pays, selon la situation locale. Par exemple, les États-Unis en comptent cinq selon la classification des Centres américains de lutte et de prévention des maladies (CDC) : les trois qui le sont au niveau mondial, plus deux autres initialement repérés en Californie.

Sept "variants d'intérêt" recensés par l'OMS

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La catégorie juste en-dessous des "variants préoccupants" est celle des "variants d'intérêt", dont les caractéristiques génétiques, potentiellement problématiques, justifient une surveillance. Pour l'instant, l'OMS en retient sept au niveau mondial, contre trois fin mars. Le dernier à avoir intégré ce cercle, mardi, est le variant initialement repéré en Inde. Il suscite des inquiétudes à cause de la dégradation rapide de la situation sanitaire dans ce pays.

Les autres "variants d'intérêt" ont initialement été détectés en Écosse, aux États-Unis, au Brésil, en France (dans la région Bretagne) ou aux Philippines. Enfin, en plus de ces deux grandes catégories, de nombreux autres variants circulent, que la communauté scientifique cherche à repérer et évaluer.

"Les semaines et les mois à venir nous diront s'ils entrent dans la catégorie des variants très inquiétants qui se diffusent très vite, ou s'ils vont rester des variants qui circulent à bas bruit", explique Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité de génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur (Paris).

Quel que soit leur statut, tous ces variants sont classés par famille, ou "lignée". Selon les mutations qu'ils ont acquises, ils occupent une place précise dans l'arbre généalogique du virus SARS-CoV-2 d'origine.

La plupart n'ont pas d'impact en termes de santé publique

L'apparition de variants dans la pandémie est tout sauf une surprise. C'est un processus naturel, puisque le virus acquiert des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. "Tous les virus, y compris le SARS-CoV-2, changent avec le temps, et cela aboutit à l'émergence de nouveaux variants, dont la plupart n'a pas d'impact en termes de santé publique", souligne l'OMS. Tout dépend en effet des mutations qu'ils portent.

Ainsi, c'est une mutation appelée N501Y, commune aux variants anglais, sud-africain et brésilien, qui est soupçonnée de les rendre plus transmissibles. Les variants sud-africain et brésilien portent également une autre mutation, E484K, suspectée d'amoindrir l'immunité acquise soit par une infection passée, avec donc une possibilité accrue de réinfection, soit par les vaccins.

Pour le grand public, il est donc difficile de s'y retrouver, d'autant que ces variants ont des noms très techniques, sans harmonisation internationale. Par exemple, le variant anglais s'appelle 501Y.V1 ou VOC202012/01 et appartient à la lignée B.1.1.7. Les termes "variants anglais, sud-africain, brésilien ou indien" sont donc plus compréhensibles pour les non-spécialistes, mais les scientifiques ne les aiment guère, car ils les jugent stigmatisants pour les pays.

Les "variants préoccupants" beaucoup plus contagieux

Sur la base des différentes études, l'OMS juge que le variant anglais est 36% à 75% plus contagieux. Dans un point diffusé fin mars, elle cite également une étude menée au Brésil, selon laquelle le variant brésilien pourrait être 2,5 fois plus transmissible.

Les mêmes soupçons planent sur le variant indien, cette fois-ci à cause de "la combinaison de deux mutations déjà connues mais non associées jusqu'ici", note le Conseil scientifique qui guide le gouvernement français. Cette caractéristique pourrait lui conférer "une transmission augmentée, mais ceci reste à prouver au plan épidémiologique", souligne le Conseil dans un rapport publié lundi.

D'autres paramètres peuvent entrer en ligne de compte dans l'aggravation actuellement observée en Inde. Selon l'OMS, elle pourrait en partie s'expliquer par les "gros regroupements de population durant des fêtes culturelles et religieuses ou les élections", avec un manque de respect des gestes barrières.

Plusieurs équipes de chercheurs dans le monde sont en train d'analyser les caractéristiques biologiques des principaux variants, dans l'espoir de savoir pourquoi ils semblent plus contagieux.

"Il y a des hypothèses à étudier : peut-être que la charge virale est plus élevée, que le variant peut entrer plus facilement dans les cellules ou qu'il se multiplie plus vite", déclare à l'AFP Olivier Schwartz, responsable de l'unité Virus et Immunité à l'Institut Pasteur, qui dirige l'une de ces équipes. Mais ce type de recherches prend du temps, et les réponses définitives ne sont pas attendues avant plusieurs semaines.

La dangerosité du variant britannique divise les scientifiques

Concernant la dangerosité des "variants préoccupants", il n'existe aucune certitude. C'est le variant anglais qui a le plus fait l'objet de recherches sur ce point et l'une d'elles, publiée le 10 mars, concluait qu'il est 64% plus mortel que le coronavirus classique, confirmant de premières observations faites fin janvier par les autorités britanniques.

Mais mi-avril, d'autres travaux ont abouti à des constats différents, en montrant que ce variant n'entraînait pas plus de formes graves de Covid-19. L'une de ces études se focalisait toutefois sur les patients déjà hospitalisés : elle ne permet donc pas de savoir si le variant entraîne plus d'hospitalisations chez l'ensemble des gens infectés.

Les fabricants de vaccins s'adaptent aux variants

Selon plusieurs études in vitro et des constatations en vie réelle, l'efficacité des vaccins n'est pas sensiblement réduite par le variant anglais. En revanche, des études in vitro montrent qu'elle pourrait l'être par les variants sud-africain et brésilien, à cause de la fameuse mutation E484K.

Le variant indien fait planer les mêmes craintes à cause d'une mutation proche (E484Q), même si on n'a que peu de données pour l'heure. Une étude préliminaire rendue publique le 23 avril conclut que le vaccin Covaxin (du laboratoire indien Bharat Biotech) est moins efficace contre ce variant que contre le virus historique, au niveau de la production d'anticorps, mais qu'il offre tout de même une protection. 

Une nuance importante, qui vaut pour les autres variants : même s'ils rendent les vaccins moins efficaces, cela ne veut pas dire que la vaccination n'est plus efficace du tout. Ces études in vitro se focalisent par ailleurs sur une seule réponse de l'organisme, la production d'anticorps, mais n'évaluent pas l'autre volet de la réponse immunitaire, appelé "immunité cellulaire" (qui vient des lymphocytes T et B). 

Quoiqu'il en soit, les fabricants travaillent à de nouvelles versions de leur vaccin, adaptées aux variants. Une adaptation indispensable, car "des variants contre lesquels les vaccins actuels pourraient être moins efficaces (...) vont probablement continuer à émerger", met en garde le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

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