Coronavirus : pourquoi le variant breton passe-t-il au travers du test PCR ?

L'une des hypothèses serait qu'il migrerait plus rapidement au fond du nez, une autre suppose que la mutation affecte la capacité du virus à réagir chimiquement lors du test.

Un homme fait un test PCR de détection du coronavirus à Laval

Crédit : JEAN-FRANCOIS MONIER / AFP

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Après le variant britannique, brésilien, sud-africain, voilà qu'un variant breton du virus de la Covid-19 a été découvert. Ce nouveau variant a été trouvé à l’hôpital de Lannion, le 13 mars, au sein d'un cluster de 79 malades. Parmi eux, huit sont décédés, et avaient contracté ce variant.

Pour l'heure, le variant est classé sous surveillance. Les premières analyses ne permettent pas d'établir qu'il soit plus grave ou plus contagieux, mais un autre aspect interroge : le fait qu'il semble échapper aux tests PCR. En effet, sept des huit patients décédés à Lannion étaient négatifs aux tests classiques, à la suite de prélèvements nasopharyngés. Ce sont de nouveaux tests, sérologiques ou avec des "prélèvements respiratoires plus profonds", qui ont permis d'identifier la présence de la Covid-19.

Une des pistes pour expliquer cette difficulté à le détecter, "c'est que le virus transite de manière plus rapide entre les voies respiratoires supérieures et les voies respiratoires inférieures", a avancé auprès de l'AFP Alain Tertre, responsable de la cellule régionale de Santé Publique France. Dans cette hypothèse, il faudrait donc pour détecter le virus faire le test encore plus tôt, ou plus profondément.

Une autre hypothèse, exposée par Numerama, serait que le virus ait muté sur une zone qui réagit habituellement aux procédés chimiques réalisés lors d'un test PCR. "Quand on va à la pêche au virus, on recherche une séquence très particulière. [...] Quand la séquence change après une mutation, l’hameçon ne fonctionne plus", résume auprès de CNEWS l’infectiologue Daniel Camus, professeur à l'Institut Pasteur de Lille. Dans ce cas, c'est la technique du test PCR qui devrait être adaptée.

Pour avoir une meilleure connaissance de la diffusion de ce variant, une "enquête flash" de séquençage va être menée sur l'ensemble des prélèvements positifs des laboratoires bretons et sur des échantillons venus des autres régions. La réalisation de "tests par prélèvement profond avec expectoration" a également été évoquée par le directeur de l'ARS.

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