Le gouvernement est mis en cause dans sa gestion de la crise sanitaire. Plusieurs de ces actuels ou anciens membres, Olivier Véran, Édouard Philippe, Agnès Buzyn et Sibeth Ndiaye, ont vu leur domicile perquisitionné jeudi 15 octobre.
En tout, 90 plaintes mettent en cause l'État, et 9 ont été jugées recevables. Pour Guillaume Roquette, directeur de la rédaction du Figaro Magazine, on peut reprocher aux ministres certaines choses, comme le fait "de ne pas avoir fait de stocks de masques suffisants", mais "la vérité est que personne ne pouvait prévoir cette épidémie".
Il se dit "choqué" par le moment choisi par la Justice pour mener ces perquisitions : au lendemain d'une prise de parole présidentielle, et quelques heures avant que le gouvernement ne fasse une conférence de presse pour développer les mesures. Au sujet du ministre de la Santé, Olivier Véran, il déclare : "Si on avait voulu casser sa crédibilité, on ne s'y serrait pas pris autrement".
Guillaume Roquette voit même dans ces perquisitions "un réflexe corporatiste" des juges contre le gouvernement, lié à la colère de certains magistrats contre leur ministre, Éric Dupond-Moretti.
De son côté, Nicolas Domenach, chroniqueur politique à l'hebdomadaire Challenges, regrette une "judiciarisation [qui] empoisonne la décision politique depuis des mois", alors que la politique est déjà "frappée de suspicion". Il craint qu'entre la pression des médias, celle des électeurs, et désormais celle des juges, les membres du gouvernement ne soient "encore plus rabougris dans leurs décisions et prises d'initiatives".
Il assure que ce sont "les électeurs qui doivent trancher" dans ces situations, même s'il y a eu selon lui des "défaillances certaines".