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Coronavirus : les eaux usées, outil efficace de surveillance de l'épidémie ?

Des chercheurs à travers le monde militent pour la mise en place de la surveillance des eaux usées, où la présence du virus pourrait permettre de prévenir une reprise de l'épidémie.

Une usine de traitement des eaux usées (illustration)
Une usine de traitement des eaux usées (illustration) Crédit : AFP / Grégory Boissy
Ryad Ouslimani
Ryad Ouslimani
et AFP

Le virus du Covid-19 est-il transmissible par l'eau ? Si la question n'est pas encore tranchée, elle suscite la plus grande surveillance de la part des chercheurs. De Paris à Milan, des États-Unis à l'Australie, des chercheurs traquent les traces du nouveau coronavirus dans les eaux usées, ce qui serait un moyen de mettre en place un système d'alerte précoce. 

Les inquiétudes sont nées depuis que des traces du virus ont été trouvées dans les selles des patients. Et des toilettes aux égouts et aux stations d'épuration, il n'y a qu'un pas qu'ont franchi plusieurs groupes de recherche qui ont vite trouvé des éléments du génome du Sars-Cov-2 dans les eaux usées, à Paris, Amsterdam ou Brisbane.

"Cette découverte (...) ne comporte aucun risque" pour la santé, a assuré Luca Lucentini, directeur du département de la qualité de l'eau à l'Institut supérieur de la Santé italien (ISS), dans un communiqué annonçant plusieurs échantillons positifs à Rome et Milan.

Quels risques si le virus est présent dans l'environnement ?

S'il semble acquis que l'eau du robinet est sûre dans les pays où elle est soumise à des traitements, les conséquences d'un rejet dans l'environnement via les eaux usées sont encore incertaines, et on est loin d'un consensus scientifique. 

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Certes, la présence de traces dans les selles ne veut pas nécessairement dire que le virus est infectieux, ni qu'il est transmissible par cette voie, estiment certains experts. Et il est incapable de se répliquer dans la nature hors d'un hôte, insistent d'autres.

Mais même si les postillons semblent la voie privilégiée de contamination, l'exposition au Sars-Cov-2 dans les eaux usées "pourrait poser un risque sanitaire", tempèrent dans un texte publié dans The Lancet Willemijn Lodder et Ana Maria de Roda Husman, du Centre de contrôle des maladies infectieuses aux Pays-Bas.

Ce Centre avait annoncé dès fin mars avoir détecté du matériel génétique du virus notamment dans les eaux usées à Amsterdam.

Un moyen d'anticiper une épidémie

Au-delà des questions de risques sanitaires, les eaux usées pourraient "servir de source de données, pour savoir si le virus circule dans la population humaine", insistent les chercheuses. Cela pourrait même permettre de "suivre l'évolution du virus", assure à l'AFP Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne université, qui a participé à une étude menée par le laboratoire de la régie municipale Eau de Paris.

Sur la base d'échantillons recueillis régulièrement entre le 5 mars et le 7 avril, leurs résultats publiés la semaine dernière (non validés par d'autres scientifiques) montrent que l'"augmentation des unités de génome" dans les eaux usées "suit avec précision l'augmentation du nombre de morts".

La surveillance des eaux usées pourrait alors aider à détecter très tôt, avant l'apparition des premiers cas, la présence du Sars-Cov-2 dans une région, si le virus est bien présent chez les personnes asymptomatiques. Vincent Maréchal plaide donc pour la "création d'un réseau Sentinelle national de surveillance des eaux usées, qui pourrait permettre d'anticiper la deuxième vague".

"On peut alors mettre en place les mesures barrières. Ça permet de gagner du temps, un élément prépondérant dans cette épidémie", insiste le Pr Maréchal. Un tel système de surveillance environnementale a déjà été utilisé pour d'autres virus. 

Un système efficace pour les pays les plus pauvres

Ainsi, dans une étude publiée en 2018, des chercheurs ont montré que la détection du virus de la polio dans les eaux usées en Israël en 2013 avait permis de relancer une campagne de vaccination, évitant tout cas d'enfants paralysés.

Pour le Sars-Cov-2, les études menées dans plusieurs pays sont encore préliminaires. Mais certains scientifiques sont enthousiastes. La méthode "peut être utilisée comme un outil d'alerte précoce" contre la pandémie, assure à l'AFP le Dr Warish Ahmed, chercheur à l'agence publique de recherche australienne CSIRO, qui a détecté le virus dans des eaux usées du Queensland. Et aussi pour "évaluer l'efficacité des mesures" sanitaires mises en place.

Il est préférable d'utiliser ce système "en complément d'autres mesures, comme les tests sur les individus", poursuit-il. Mais dans un éventuel programme de surveillance à l'échelle de l'Australie, ces données pourraient être "particulièrement utiles dans des régions abritant des populations vulnérables où d'autres méthodes de tests ne sont pas faisables", estime le chercheur. "C'est un moyen d'un bon rapport coût/efficacité pour traquer l'infection à l'échelle d'une communauté".

Si la méthode est éprouvée, elle pourrait alors être très utile dans des régions sans hrandes ressources, où les moyens à disposition de la santé publique sont faibles.  Un argument applicable aussi aux pays "qui n'ont pas les moyens techniques ou logistiques de tester les porteurs", note le Pr Maréchal qui appelle l'Organisation mondiale de la Santé à se pencher sur un réseau mondial de surveillance qui, au-delà du Covid-19, pourrait servir à bien d'autres maladies meurtrières liées aux eaux souillées.

"Ce serait essentiel en Afrique", insiste le virologue. "Pour protéger la population, il faut assurer la qualité de l'eau".

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