Coronavirus : plongée au cœur du laboratoire qui traque les variants du virus

Repérer les cas de variants du nouveau coronavirus, et comprendre à quel point ils circulent déjà sur notre territoire, deux missions déterminantes pour maîtriser l'épidémie, et qui sont allouées au CNR, le Centre national de référence des maladies respiratoires, rattaché à l'Institut Pasteur. C'est là que des virologues traquent depuis décembre, grâce au séquençage, les différents variants du virus sur notre territoire, les variants britannique, sud-africain et brésilien. Les recherches se font dans deux laboratoires, situés à Paris et à Lyon.

RTL a pu pénétrer dans l'enceinte de l'un de ces deux laboratoires, celui situé dans un bâtiment de l'Hôpital de la Croix Rousse, à Lyon. On y réalise, jour et nuit, à un rythme effréné, entre 200 et 300 séquençages par semaine. Il faut monter au 5e étage d'un bâtiment de l'hôpital, passer plusieurs portes ultra sécurisées, pour enfin découvrir ce laboratoire où l'on traque les variants.

C'est une petite structure, et seulement une dizaine de biologistes y travaillent jour et nuit. Pourtant c'est ici que les labos et les hôpitaux de tout le pays envoient leurs tests PCR positifs, lorsqu'ils suspectent la présence d'un variant. 

Traquer les variants, avec des capacités limitées

Assise à sa paillasse, une biologiste est penchée sur une boite en plastique bleu, elle contient 100 prélèvements venus tout droit des laboratoires. Chacun dans une petite fiole. Elle y ajoute un liquide avec des pipettes, les fioles sont ensuite soigneusement refermées et remises au frigo. 

L'étape suivante, c'est le séquençage, mais il y a de l'attente, explique Grégory Destras, virologue au CNR. Aujourd'hui, le centre ne peut analyser que 300 tests par semaine, dans une précieuse machine que l'on appelle un séquenceur. C'est un gros appareil blanc et noir, qui ressemble à un micro onde. On met les fioles à l'intérieur pendant 27h. 

Le séquenceur permet de révéler, pour chaque prélèvement, la liste de lettres qui constituent son code génétique. Les virologues peuvent ensuite comparer, via des logiciels, la séquence révélée par la machine, avec le virus chinois, que l'on connait en France depuis un an, et aussi avec les différents variants. Une tâche colossale pour lutter contre l'épidémie, et supervisée par le professeur Bruno Lina. Le but est de "conforter le niveau de circulation des variants connus, et potentiellement surveiller l'émergence d'autres variants", explique-t-il. 

C'est d'ailleurs dans ce centre qu'au lendemain de Noël, les équipes du professeur Lina ont découvert le tout premier cas en France du variant britannique. Depuis, une soixantaine d'autres cas y ont été confirmés, ainsi que 11 cas de variant sud-africain.

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