Coronavirus : la France a-t-elle les moyens de bien traquer les variants ?

Les biologistes travaillent jour et nuit face au coronavirus. La lutte contre les variants passe par cette traque sans relâche, mais est-on suffisamment équipés en France ? Pour faire face à une telle menace, non, un coup de collier est nécessaire. À Lyon par exemple, on peut réaliser 300 séquençages par semaine seulement. L’objectif est d’en réaliser 1.200 d’ici le printemps. Depuis le mois de décembre, un inventaire est en cours pour savoir qui peut participer à cette effort collectif en France, et de combien de machines on dispose sur tout le territoire.

Le résultat est que dans le public, une cinquantaine de laboratoires peuvent être mobilisés. Le CNR de Lyon et celui de Pasteur, des labo dans des hôpitaux, le génopole d’Evry, le service de santé des armées. Et puis il y a 6 groupements de labo privés, où on va réaliser les tests PCR, qui ont des séquenceurs. Au quotidien, ces machines dépistent essentiellement la trisomie 21, mais pas forcément 24h sur 24h.

On prend du retard sur le traçage de l'épidémie

Chez Biogroup, par exemple, on compte 800 labo dans toute la France, ils pourraient réaliser plus de 300 séquençages de variants par jour. Même chose, voire plus, pour les 5 autres groupements. Soit un total potentiel de 2.000 à 3.000 séquençages par jour. Contre 300 par semaine dans le CNR de Lyon.

S'ils ne sont pas encore utilisés, c'est parce que les labos n’en ont pas encore l’autorisation, tout simplement. Et puis il faut négocier le prix, l’organisation logistique, et ça prend du temps. En attendant, on prend du retard. On ne connaît pas encore les résultats de la première enquête flash des 7 et 8 janvier. Des dizaines de milliers de prélèvements positifs doivent être analysés. La deuxième, qui devait avoir lieu la semaine dernière, a été décalée. Résultat, on ne connaît pas officiellement la vitesse de progression du virus anglais en France.

Mais on a quelques indications : pour l’APHP, en Île-de-France, le variant représente 10% des cas positifs. Pour Biogroup, c’est déjà entre 15% à 20% des cas positifs. Contre 1% début janvier. Ça va vite, mais ça manque de précision !

On ne connaît pas la progression des variants, et on ne peut pas détecter ceux que l’on ne connaît pas. On suit mal l’épidémie. Dans l’idéal, il faudrait pouvoir analyser chaque semaine 10% des prélèvements au hasard. Aujourd’hui, on a déjà du mal à analyser les clusters suspects. Autant d’éléments qui devraient guider la décision politique d’un reconfinement, et on ne les a pas !