Coronavirus : comment surveiller la dynamique du virus grâce aux eaux usées

Protégé par une combinaison blanche des pieds à la tête, Sébastien Wurtzer manipule avec précaution un prélèvement venu d'une station d'épuration parisienne : le virologue fait partie d'un nouveau réseau qui veut surveiller l'épidémie de coronavirus grâce aux eaux usées.

Les mains à l'intérieur d'un poste de sécurité microbiologique pour éviter qu'un quelconque pathogène présent dans l'eau souillée ne s'échappe, le scientifique de la régie municipale Eau de Paris est à la recherche d'un génome en particulier, celui du SARS-CoV-2.

L'échantillon est d'abord centrifugé pour récupérer les particules. Puis "on purifie l'ensemble des génomes des micro-organismes présents dans ces échantillons", explique Sébastien Wurtzer. Avant de "passer à la détection des génomes des organismes qui nous intéressent : là, le Sars-CoV-2".

Des traces du virus à un "faible niveau" dans les eaux usées

Depuis le 5 mars, le laboratoire d'Eau de Paris analyse chaque semaine des échantillons d'eaux usées prélevées en Ile-de-France pour y chercher spécifiquement des traces du coronavirus qui voyage par les selles des patients via les toilettes jusqu'aux stations d'épuration.

Comme dans d'autres pays, cette surveillance a montré une corrélation entre la concentration du génome du virus dans les eaux usées et la courbe épidémique : une augmentation "exponentielle" au début de l'épidémie en mars, puis une baisse liée au confinement, jusqu'à une disparition mi-mai.

Depuis la fin juin, les analyses révèlent à nouveau des traces du génome du virus, à un "faible niveau" qui n'a rien à voir avec début mars. "C'est quelque chose d'assez naturel, c'était assez attendu. La maladie n'a pas disparu", commente Laurent Moulin, responsable R&D du laboratoire.

Vers la mise en place d'un réseau de surveillance épidémiologique ?

"Ce qui nous intéresse, c'est de voir si cette dynamique va augmenter ou se stabiliser", poursuit-il, soulignant la pertinence des eaux usées pour suivre les épidémies. Eau de Paris participe d'ailleurs avec plusieurs centres de recherche au tout nouvel Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine).

Compte tenu du nombre important de cas peu ou pas symptomatiques de Covid-19, les experts estiment que la présence du virus pourrait être détectée dans les eaux usées avant les premiers cas cliniques confirmés, dans les zones où l'épidémie s'est calmée ou dans celles pas encore touchées, et ainsi servir de système d'alerte précoce.

Dans ce contexte, avec le soutien notamment du ministère de la Recherche, Obépine espère passer d'ici à l'automne d'une trentaine de stations d'épuration à 150, réparties sur le territoire (villes, campagne, littoral, diverses tailles...), pour mettre en place un réseau pérenne de surveillance épidémiologique.

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