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Une chercheuse travaille sur le séquençage d'un virus (illustration)
Crédit : CHRISTOPHE ARCHAMBAULT / AFP
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Le virus Shamonda, principalement transmis chez les bovins, vient de faire sa première victime humaine, en France. Originaire d'Afrique et d'Asie, il appartient à la famille de l'Orthobunyavirus et se transmet aux animaux par des moucherons piqueurs du genre Culicoïdes. Début octobre, un homme est décédé à Lyon des suites d'une infection, ce qui interroge sur les risques d'une épidémie mortelle.
Le patient pris en charge présentait une immunodépression sévère, et ce avant son infection. Le dysfonctionnement de son système immunitaire aurait donc participé à l'aggravation du cas.
Le dernier communiqué du ministère de l'Agriculture publié le 22 octobre 2026 déclare que "l’hypothèse est celle d’une contamination vectorielle du cas, par la piqure d’un moucheron de type Culicoïde dans l’Est de la France, territoire rapportant une circulation du virus chez l’animal au printemps et à l'été 2026."
Le virus a été identifié pour la première fois en Europe, dont en France, fin juillet, dans des exploitations bovine. Il s'est depuis rapidement répandu. Selon le dernier bilan hebdomadaire de l'ESA (épidémiosurveillance en santé animale), 14 pays d'Europe de l'Ouest sont touchés.
En France, le virus circule dans 52 départements chez les bovins et, dans une moindre mesure, chez les ovins dans deux départements et les équins dans un département. La rapidité de cette émergence "apparaît liée aux conditions climatiques favorables aux insectes vecteurs", a jugé en août l'Institut public français de recherche pour l'agriculture (Inrae).
Les bovins sont les hôtes principaux parmi les espèces animales. De rares cas de petits ruminants et d'équidés infectés ont été dénombrés cet été en France.
Du fait de son caractère unique, il n'existe pas encore de liste des symptômes potentiels chez l'homme. Néanmoins, les complications cérébrales observées chez le patient décédé seraient attribuées au virus.
Chez les bovins infectés, des cas de fièvre, de diarrhée et de baisse de la production laitière sont recensés. Dans la majorité, ces phases sont transitoires et durent entre deux et trois semaines. Chez la femelle en gestation, le Shamonda peut également provoquer des avortements et des malformations graves du fœtus.
Les symptômes varient selon les espèces : les ovins suivent une première phase asymptomatique (pas de fièvre ni de vomissement) mais les fœtus d'agneaux infectés peuvent également souffrir de malformations. Les équins comme les chevaux présentent quant à eux des symptômes nerveux.
Il n'existe pas de traces de transmission du virus d'animal à animal, ni par la consommation de lait ou de viande. La transmission est seulement observée lors des gestations des femelles touchées.
Aucun risque sanitaire pour la "population générale" n'est identifié à ce jour, au regard des connaissances disponibles, insistent les autorités. Ils affirment qu'il s'agit d'un cas "exceptionnel survenu chez un patient fortement immunodéprimé". Concernant la prévention face au virus, les directives sanitaires conseillent "l’élimination des sites de ponte tels que les effluents liquides et les zones d’eau stagnante [ainsi que] la désinsectisation des moyens de transport."
"De nombreuses zones d'ombre subsistent", a toutefois relevé le professeur de neurologie Tom Solomon, directeur de "The Pandemic Institute" à Liverpool (Royaume-Uni) et de l'Unité de recherche britannique consacrée aux infections émergentes et zoonotiques, dans une réaction à l'organisme britannique Science Media Center (SMC).
Nous ignorons par exemple "si des personnes en bonne santé peuvent être infectées sans pour autant développer de symptômes, quels symptômes le virus est susceptible de provoquer en temps normal, ou encore avec quelle fréquence il peut entraîner une forme grave de la maladie", a-t-il énuméré. S'il n'y a "pas lieu de céder à la panique", selon cet expert, cette contamination souligne "l'importance de la surveillance des infections émergentes", notamment "celles susceptibles d'affecter le cerveau".
Les autorités sanitaires françaises ont d'ores et déjà prévenu les instances sanitaires internationales, et les investigations "cliniques, biologiques et épidémiologiques" se poursuivent. Il n'existe à ce jour ni traitement ni vaccin contre le virus Shamonda.
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